El viernes 3 de junio de 1994, el Presidente del Banco Central, Carlos Manuel Castillo, después de haber analizado detalladamente los resultados de la investigación con los demás miembros de la Junta Directiva de BCCR, solicitó al Consejo de Gobierno autorización para la intervención total del Banco Anglo Costarricense y así poder revisar las cuentas y operaciones en detalle.
El Consejo de Gobierno aprobó dicha autorización y a partir del 14 de junio, la Auditoría General de Entidades Financieras (AGEF) intervino por primera vez desde 1948, a un banco estatal. Esta autorización implicaba 30 días de intervención, y que se podían extender a 180 días, además de la suspensión y destitución de la Junta Directiva General, del Gerente General y de las Juntas Directivas de las subsidiarias del Banco Anglo: AVC Almacén de Valores Comerciales S.A. y Boltec S.A.
El primer informe de la intervención se presentó el 28 de junio de 1994, el cual determinaba que el déficit de AVC Panamá era aproximadamente 2,1 veces más que el capital del Banco Anglo y si a esto se le sumaba la utilidad objetada de ¢815 millones, el déficit ascendía a 2,9 veces el capital de la entidad. Con el monto de esas pérdidas, se podría haber reducido en un 20% la falta de viviendas que había en el país.
La delicada situación financiera del banco, se dilucidó con más precisión con la presentación del segundo informe el 10 de agosto de 1994. Un 71,75% de los créditos eran operaciones mayores a los ¢5 millones, lo cual hacía la cartera muy inestable y además, casi 200 clientes controlaban el 50% del total de la cartera de crédito, por lo que los movimientos de un solo cliente podrían poner en riesgo la totalidad de esa cartera.
Como respuesta a las impactantes cifras negativas, el 07 de setiembre de 1994, el presidente Figueres nombró una Comisión Especial integrada por Ministro de la Presidencia, Elías Soley; el Ministro de Planificación, Leonardo Garnier; el Presidente del Banco Central, Carlos Manuel Castillo; el Procurador General de la República, Adrián Vargas; y dos diputados Ottón Solís y Francisco Antonio Pacheco, para que evaluaran los informes y la documentación recibida.
Los considerandos del informe de esta comisión, que fue presentando el 14 de setiembre de 1994, fueron determinantes para la toma de decisiones y dejaban claro la magnitud del impacto en las finanzas del país del mal manejo que había tenido la institución:
- Si al déficit fiscal proyectado para el año 1994 se agregan las pérdidas ocurridas, se hubiera tenido un déficit que supera al 7,1 % del PIB, o sea, cerca de ¢90 mil millones.
- La gestión de la administración del banco le ocasionó pérdidas al banco por más de ¢16.000 millones y lo dejó con un patrimonio negativo superior a los ¢12.000 millones, lo que significaba una quiebra técnica del Banco.
- La recapitalización del banco y la absorción de las pérdidas requerirían de montos que podrían superar el 2% del PIB, pues se hablaba de más de ¢25.000 millones en ese sentido.
La recomendación de la comisión fue iniciar una segunda etapa de intervención y administración llevada a cabo por el BCCR, para que se procediera de forma ordenada al cierre de la institución y se enviara oportunamente un proyecto de ley a la Asamblea Legislativa para la disolución y liquidación de la institución.