En octubre del 2004, ante las publicaciones de Canal 7, la Asamblea Legislativa llamó a comparecer a Carmen Valverde y Roberto Hidalgo. Asimismo, el Tribunal de Ética del Partido Liberación Nacional inició una investigación acerca de los actos de Jose María Figueres, quien no recibió ninguna sanción al no encontrarse faltas en su accionar profesional.
Inmediatamente, José María Figueres aceptó que recibió un pago de $906,000 por comisión de éxito por sus servicios prestados durante 39 meses y de forma paralela decidió renunciar a su trabajo en el Foro Económico Mundial, mientras se realizaban las respectivas investigaciones.
El 1 de noviembre del 2004, la Fiscalía de la República inició una investigación para comprobar si José María Figueres había faltado a la ley y solicitó levantar el secreto bancario de sus cuentas en Costa Rica. En ese momento, José María Figueres abrió voluntariamente todas sus cuentas, no solo las de Costa Rica que había solicitado el Ministerio Público, sino también sus cuentas en el exterior. Asimismo, José María Figueres, canceló a Tributación Directa $146,000 de impuestos, aún cuando no tenía obligación de pagarlos por ser dichos ingresos ganancias generadas en el exterior.
Desde el 3 de noviembre del 2004 y por un espacio de tres meses, José María Figueres ofreció comparecer por videoconferencia a la Asamblea Legislativa más de tres veces, debido a compromisos internacionales que le impedían estar en el país. Los diputados reiteradamente rechazaron el ofrecimiento.
El 30 de noviembre de 2004, José María Figueres Olsen compareció mediante una carta a la Comisión de Ingreso y Gasto Público de la Asamblea Legislativa. En dicha carta, aclaró que no influyó para favorecer a ningún fabricante de equipos de comunicaciones y no estableció contacto con funcionarios públicos para incidir sobre algún proceso de compra de equipos para las comunicaciones nacionales. Explicó que el dinero recibido había sido por su trabajo y sus conocimientos y que no realizó un pago a terceras personas.
En esa nota, con el fin de contextualizar la asesoría permanente que brindó por 39 meses, José María Figueres expuso ejemplos de esa época, de varios profesionales y sus respectivos honorarios internacionales por una intervención puntual, como lo podría ser una sesión de trabajo, una conferencia en público o una asesoría privada de un par de horas. Ejemplos:
- Bernard Baumohl, $10,000. Reportero Senior Económico de la Revista TIME.
- Galardonados con Premios Nobel, $25,000.
- HughDowns $37,500. Respetado comentador político norteamericano.
- Tom Brokaw, $50,000 - $75,000. Respetado presentador de noticias en televisión.
- Michael Porter, $100,000. Profesor de la Universidad de Harvard. Día de trabajo.
- Tom Peters: reconocido gurú de la administración de empresas, cobra $ 1,000,000 (un millón de dólares) por presentación.
En Diciembre del 2004, la Asamblea Legislativa solicitó la intervención de Interpol. Sin embargo, el mismo Fiscal General recomendó no hacerlo pues la investigación estaba en proceso y aún no había encontrado prueba alguna en contra de José María Figueres que diera lugar a una acusación.
José María Figueres le ofreció a los Diputados comparecer personalmente el 9 de diciembre del 2004 y estos no aceptan, insistiendo en la fecha del 1 de diciembre. Por ello, presentan una acusación por desobediencia que fue desestimada en setiembre del 2005 por la Jueza María Morales, determinando que no hubo ninguna conducta ilegal de José María Figueres.
El 17 de febrero de 2005, el Fiscal General Francisco Dall’Anese compareció ante la Asamblea Legislativa y declaró que no había logrado establecer que los pagos que Figueres recibió a través H.F. Desarrollos Interdisciplinarios, fueran producto de una actuación ilegal.
José María Figueres declaró que si el Fiscal General Francisco Dall’Anese solicitaba su presencia vendría a Costa Rica, pero hasta ese momento no había recibido ninguna notificación.
En octubre del año 2005, la Fiscalía informó que no encontró pruebas para acusar a José María Figueres. Finalmente, en el 2007, después de 3 años de investigaciones, el Ministerio Público le pide al Juzgado Penal de Hacienda desestimar la causa por el pago proveniente de Alcatel en contra de José María Figueres.
De la misma manera, el 7 de junio del 2007, una Corte del Distrito de la Florida y el Departamento de Justicia del Gobierno de Estados Unidos que investigaba el accionar de ALCATEL, concluyó que los pagos corruptos de Alcatel se realizaron a través de la empresa Servicios Notariales Q.C. En dicho expediente no hubo una sola mención a José María Figueres. Los pagos realizados por parte de Alcatel a la empresa H.F. Desarrollos Interdisciplinarios estuvieron dentro de un marco legal al igual que otros contratos lícitos que durante varios años de operar en el país, Alcatel suscribió con profesionales de diversas ramas.
José María Figueres regresa el 23 de diciembre de 2011 a Costa Rica, siete años, un mes y 25 días después que se realiza la primera publicación que lo involucra con la empresa Alcatel. Ante nueva solicitud de diputados, el 16 de febrero del 2012 comparece ante la Asamblea Legislativa y da respuesta a todas las preguntas de los diputados.