La crisis del INCOFER había llegado a tal extremo, que las pérdidas proyectadas para el año 1994 era de 2.100 millones de colones, que equivalía a una pérdida diaria promedio de casi 6 millones de colones por día. Las pérdidas se daban porque la institución solo lograba financiar la tercera parte de su presupuesto con el cobro de sus servicios de transporte ferroviario. Las otras dos partes las había estado pagando el Gobierno con cargo al Presupuesto Nacional.
La calidad del servicio de INCOFER era baja porque su equipo estaba muy deteriorado y no había presupuesto gubernamental para darle el adecuado mantenimiento. Por la deficiencia que tenían sus equipos y por el deterioro de las vías ferroviarias y de los puentes, el servicio de trenes se había vuelto muy peligroso.
Un informe preliminar de la Canadian Pacific Consulting LTD, señalaba el riesgo de operar, dadas las malas condiciones de algunos puentes, parte del equipo de tracción y rodante y ciertos tramos de vía. En la zona Atlántica, por ejemplo, los puentes sobre los ríos Reventazón y Matina estaban a punto de derrumbarse; había tramos de las vías que constantemente sufrían descarrilamientos. El gobierno no podía continuar exponiendo a estos peligros a los pasajeros que usaban el ferrocarril.
El gobierno de Rafael Angel Calderón Fournier, entre 1990 y 1994 efectuó varios ajustes al funcionamiento del INCOFER que implicaron una reducción tanto de los servicios de carga, como de los de transporte de personas. Suspendieron dos de los servicios que prestaba el ferrocarril: el transporte de carga San José – Limón fue suspendido en el en el año de 1991 debido a los continuos derrumbes producidos por el río Reventazón; y por problemas estructurales y financieros igual suerte corrió el de pasajeros San José - Puntarenas debido a las pérdidas generadas.
En aquel momento, se requerían de $30 millones para poner en buenas condiciones el sistema. Sin embargo, esta cifra no contemplaba ninguna compra de maquinaria y equipo, debido a su alto costo. El equipo existente era antiguo, por lo tanto los repuestos debían fabricarlos según pedido y algunas empresas enteradas de la crisis financiera, solicitaban un adelanto del total presupuestado.
Según La Nación Digital, del 28 de junio de 1995, el Ministro de Obras Públicas y Transportes, Ing. Bernardo Arce dijo que, para mejorar la calidad del servicio ferroviario y hacerlo seguro, el gobierno de José María Figueres requería una inversión total de 16 mil millones de colones (85 millones de dólares).
En medio de una complicada situación fiscal heredada de la administración anterior, para el gobierno de José María Figueres, continuar con las pérdidas del INCOFER o realizar las inversiones para modernizarlo, era agrandar el déficit del país. Reducir ese déficit era indispensable para poder bajar la inflación y las tasas de interés y para que la economía creciera lo suficiente como para generar nuevos empleos y reducir el costo de vida de la población.
Después de un estudio exhaustivo, José Maria Figueres tuvo que tomar la decisión de cesar las operaciones del INCOFER para poder replantear la operación y servicio de la institución. Desde ese momento, se propuso que, por medio de licitación, la empresa privada se hiciera cargo de su operación para los tramos de San José – Limón y San José – Caldera. En el siguiente Gobierno de Miguel Ángel Rodríguez, se publicó la licitación, pero no existieron oferentes.
Con el cese de operaciones, la planilla del INCOFER se redujo a 57 empleados y se dio a la tarea de ordenar la empresa, actualizar inventarios, limpiar y ordenar los talleres y proteger los activos más valiosos como vías, puentes, propiedades, edificios, maquinaria y equipo. Gracias a ese esfuerzo realizado es que años después el tren metropolitano pudo volver a operar.
A esto se sumaba, que el gobierno de José María Figueres heredó una un enorme déficit fiscal (8,1% del PIB, el más elevado de América Latina). En la última semana de setiembre de 1994, el gobierno le planteó de forma transparente y con un espíritu conciliador a los más diversos sectores del país (empresarios, cooperativistas, partidos políticos, trabajadores, solidaristas, y académicos) la urgencia de un acuerdo nacional en torno a la grave realidad fiscal, el cual fue discutido por varios días en foro multisectorial y luego fue diluido por la oposición.
En ese momento de grave crisis fiscal, el gobierno de José María Figueres no podía seguir sosteniendo las pérdidas del INCOFER y con esto seguir afectando las finanzas del país. El gobierno debía invertir los recursos de la mejor manera en vivienda, salud, educación y seguridad. Medidas drásticas como la del cierre técnico de INCOFER eran necesarias para no seguir aumentando el déficit fiscal.
En junio de 1995 el Consejo de Gobierno tomó la decisión de suspender las operaciones del INCOFER.
El cierre técnico se dio mediante el acuerdo SCD-106-95 del 28 de junio de 1995, dictado por el Consejo de Gobierno. A partir de entonces, se suspendieron los servicios del ferrocarril en todo el país. A los trabajadores se les pagó la cesantía y solo quedaron laborando 57 trabajadores para salvaguardar los activos ferroviarios. En ese momento, el personal de la institución ascendía a 1.171, de los cuales solo 380 se acogieron a la movilidad laboral voluntaria o traslado a otras instituciones.
Para el gobierno Figueres era claro que el cierre técnico de la institución acarrearía una situación social muy difícil para los trabajadores y sus familias. Por eso propuso que ¨cada trabajador y trabajadora recibirá un mes de prestaciones por año laborado, más cuatro meses de salario adicional. Así por ejemplo, si un funcionario laboró 12 años en la institución, recibirá entonces el equivalente a 16 meses de prestaciones. Además, les vamos a ofrecer cursos de capacitación para que puedan tener mejores opciones de reinsertarse en el mercado laboral y les vamos a dar la asesoría necesaria para que aquellos y aquellas que lo deseen, puedan formar sus propias empresas”.
En cuanto al servicio, la idea original era que por medio de licitación la empresa privada se hiciera cargo de su operación en los tramos San José – Limón y San José – Caldera. En el Gobierno de Miguel Ángel Rodríguez, se sacaron estos servicios a licitación pública pero no existieron oferentes.